El LINCGlobal está estructurado en Grupos de Trabajo, dinámicos y no disyuntos, en el que los investigadores convergen para resolver, de forma colaborativa, problemas concretos y plantear y ejecutar líneas de investigación.
Actualmente existen tres grupos de trabajo temáticos:
Ecosistemas Marinos
Ecosistemas Terrestres
Modelización y Macroecología
además de un Grupo de Trabajo de actividades transversales que compromete a todos los investigadores del LINCGlobal con la socialización del conocimiento sobre Ciencia del Cambio Global y la formación de jóvenes investigadores.