El LINCGlobal está estructurado en Grupos de Trabajo, dinámicos y no disyuntivos, en el que los investigadores convergen para resolver, de forma colaborativa, problemas concretos, planteando y ejecutando líneas de investigación.
Actualmente existen tres grupos de trabajo temáticos:
Además de un grupo de trabajo de actividades transversales, que compromete a todos los investigadores del LINCGlobal con la socialización del conocimiento sobre ciencia del Cambio Global y la formación de jóvenes investigadores.